Le différence clé entre les BCAA et les acides aminés est que le BCAA est un acide aminé à chaîne ramifiée qui a des chaînes latérales aliphatiques avec une ramification, tandis que les acides aminés sont des composés organiques contenant des groupes amine, des groupes carboxyliques et une chaîne latérale spécifique.
Les acides aminés sont les éléments constitutifs des protéines. Le groupe latéral (R) de l'acide aminé détermine les propriétés de l'acide aminé. Par conséquent, ce groupe latéral est spécifique des acides aminés. En d'autres termes, différents acides aminés ont des groupes latéraux différents. Cependant, les BCAA ont un caractère unique supplémentaire; un atome de carbone central lié à trois atomes de carbone ou plus.