Le différence clé entre les acides aminés glucogéniques et cétogènes est que les acides aminés glucogéniques produisent du pyruvate ou tout autre précurseur du glucose au cours de leur catabolisme, tandis que les acides aminés cétogènes produisent de l'acétyl CoA et de l'acétoacétyl CoA pendant leur catabolisme.
Les acides aminés sont les molécules fondamentales qui composent la structure chimique des protéines et des polypeptides. Bien qu'il existe différentes classifications pour les acides aminés, nous pouvons les classer en acides aminés glucogènes et cétogènes en fonction des intermédiaires qu'ils forment au cours de leur catabolisme. Comme mentionné ci-dessus, le produit final du catabolisme des acides aminés donne deux types de produits intermédiaires; soit le pyruvate (ou à d'autres précurseurs du glucose) ou l'acétyl CoA et l'acétoacétyl CoA.