La principale différence entre le nombre de reproduction de base et effectif est que le nombre de reproduction de base (R 0) est le nombre de reproduction lorsqu'il n'y a pas d'immunité contre les expositions ou la vaccination passées, tandis que le nombre de reproduction effective (R) est le nombre de reproduction lorsqu'il y a une certaine immunité ou une certaine mesures d’intervention en place.
Les maladies infectieuses se propagent facilement parmi les populations. Certaines maladies sont épidémiques tandis que d'autres sont pandémiques. Une épidémie est une flambée régionale d'une maladie infectieuse, tandis qu'une pandémie est une propagation mondiale d'une maladie infectieuse. Le nombre de reproduction est une mesure souvent utilisée pour refléter le degré d'infection de la maladie. L'indice de reproduction de base (Ro) et le nombre de reproduction effectif (R) sont deux matrices épidémiologiques utilisées pour décrire la contagiosité des agents infectieux.
