Le différence clé entre la photosynthèse et la photorespiration est que la photosynthèse est le processus par lequel les photoautotrophes, principalement les plantes vertes, les algues et les cyanobactéries, génèrent des glucides et de l'oxygène à partir du dioxyde de carbone et de l'eau en utilisant l'énergie de la lumière du soleil tandis que la photorespiration est une réaction secondaire dans laquelle l'enzyme RuBisCO oxygène le RuBP, ce qui entraîne le gaspillage d'une partie de l'énergie produite par la photosynthèse.
La photosynthèse et la photorespiration sont deux processus qui se produisent dans les plantes. Cependant, la photosynthèse est un processus important tandis que la photorespiration est un processus inutile. Une partie de l'énergie et du carbone fixé est gaspillée par la photorespiration par l'enzyme appelée RuBP oxygénase-carboxylase. Par conséquent, la photorespiration peut être considérée comme un processus qui réduit l'efficacité de la photosynthèse chez les plantes.