La principale différence entre l'homologie et la similitude en bioinformatique est que l'homologie fait référence à une déclaration sur l'ascendance évolutionnaire commune de deux séquences, tandis que la similitude se réfère au degré de ressemblance entre deux séquences.
La bioinformatique est un domaine scientifique qui combine la biologie, l'ingénierie de l'information, l'informatique, les mathématiques et les statistiques pour analyser et interpréter les données biologiques. L'homologie et la similitude sont deux termes que nous utilisons dans le domaine de la bioinformatique. Nous pouvons facilement calculer la similitude en pourcentage de résidus similaires sur une longueur donnée de l'alignement. Cependant, nous ne pouvons pas calculer l'homologie car elle peut être vraie ou fausse et dépend généralement de l'hypothèse utilisée.