La principale différence entre la pepsine et la protéase est que la pepsine est un type de protéase tandis que la protéase est une enzyme qui clive les protéines en acides aminés.
Les protéines sont des macromolécules importantes fabriquées à partir de différents acides aminés. Les acides aminés sont les éléments constitutifs des protéines et se polymérisent en protéines par des liaisons amide. Certaines enzymes peuvent briser les protéines en acides aminés, et elles sont connues sous le nom de protéases. Il existe différents types de protéases qui diffèrent selon le mécanisme d'hydrolyse. Parmi eux, la pepsine, qui est une protéase gastrique, est l'un de ces types.
