Le différence clé entre la cisgénèse et l'intragenèse est que dans la cisgénèse, les gènes sont introduits sans apporter de changement à la séquence d'ADN, et les gènes ont leur promoteur natif, leurs introns et leurs séquences de terminaison tandis que dans l'intragenèse, les gènes peuvent être conçus à l'aide d'éléments génétiques d'autres plantes avec le même pool génétique sexuellement compatible.
La transgénèse est la modification génétique dans une plante receveuse avec des gènes de tout organisme non végétal, ou d'une plante donneuse sexuellement incompatible avec la plante receveuse. La cisgénèse et l'intragenèse sont deux concepts alternatifs à la transgénèse. Les deux ont lieu entre des espèces croissables. La cisgénèse fait référence à la modification génétique d'une plante receveuse avec un gène naturel d'une plante sexuellement compatible. L'intragenèse, d'autre part, permet l'utilisation de nouvelles combinaisons de gènes créées par des réarrangements in vitro d'éléments génétiques fonctionnels. Cependant, les deux concepts sont basés sur l'utilisation de gènes de la même espèce ou d'espèces étroitement apparentées qui sont sexuellement compatibles. Par conséquent, l'intragenèse et la cisgénèse sont identiques au pool de gènes disponible pour la sélection conventionnelle.
