La principale différence entre la génocopie et la phénocopie est que dans les génocopies, les phénotypes montrent une similitude et le génotype change, tandis que dans la phénocopie, les phénotypes varient et le génotype reste inchangé.
La disparité entre génocopie et phénocopie est impliquée dans l'explication des rares occurrences de la génétique. Les deux concepts démontrent comment la génétique traditionnelle ou la génétique mendélienne peuvent varier en fonction des exceptions dans la nature. La génocopie fait référence au phénomène consistant à donner un phénotype similaire malgré un génotype différent. En revanche, la phénocopie fait référence au phénomène d'avoir des phénotypes variables malgré le génotype restant inchangé.