La principale différence entre la greffe de cellules souches autologues et allogéniques est que, dans la greffe de cellules souches autologues, ses propres cellules sont utilisées dans la transplantation, tandis que dans la greffe de cellules souches allogéniques, un donneur est apparié avant la transplantation puis administré.
La transplantation de cellules souches est une technique principalement utilisée dans le traitement du cancer. Dans la transplantation de cellules souches, les cellules souches présentant des caractéristiques avancées appropriées sont administrées afin qu'elles se développent en cellules immunologiques capables de détruire les cellules cancéreuses. Son autre fonction est de protéger les cellules non malignes du corps. Les greffes de cellules souches autologues et allogéniques sont deux types de techniques de transplantation de cellules souches. La greffe de cellules souches autologues utilise ses propres cellules souches pour la greffe, tandis que la greffe de cellules souches allogéniques utilise les cellules souches d'un donneur apparié.