La principale différence entre les cellules souches embryonnaires et somatiques est que les cellules souches embryonnaires sont des cellules indifférenciées pluripotentes qui ont une origine embryonnaire, tandis que les cellules souches somatiques sont des cellules indifférenciées multipotentes qui sont d'origine tissulaire et organique.
Les cellules souches sont des cellules indifférenciées capables de se développer en véritables tissus ou organes. En général, il existe deux principaux types de cellules souches: les cellules souches embryonnaires et les cellules souches adultes (cellules souches somatiques). Dans le cas de la différenciation, les cellules souches embryonnaires peuvent se différencier en tout type de cellules. En revanche, les cellules souches somatiques ne peuvent se différencier qu'en plusieurs cellules spécifiques aux tissus. Par conséquent, les cellules souches embryonnaires sont pluripotentes tandis que les cellules souches somatiques sont multipotentes. En termes simples, la capacité de différenciation est élevée dans les cellules souches embryonnaires par rapport à celle des cellules souches somatiques.