La principale différence entre l'accouplement assortatif et désassortatif est que, dans l'accouplement assortatif, l'accouplement se produit entre des organismes phénotypiquement similaires, tandis que dans l'accouplement disassortatif, l'accouplement se produit entre deux organismes phénotypiquement différents.
En génétique des populations, l'accouplement est un phénomène important pour la survie d'une espèce particulière. La probabilité d'accouplement est décidée sur l'équation de Hardy Weinberg. Cependant, l'accouplement assortatif suit l'équilibre de Hardy Weinberg, tandis que l'accouplement désassortatif ne suit pas cet équilibre.