La principale différence entre Apicomplexia et Ciliophora est que Apicomplexia est un sous-embranchement de protozoaires et comprend des organismes avec un complexe apical, tandis que Ciliophora est un autre sous-embranchement de protozoaires qui comprend des organismes avec des cils.
Les protozoaires sont l'un des deux principaux groupes appartenant au Royaume Protista. L'autre groupe est celui des algues. Les protozoaires sont des animaux unicellulaires comme les organismes eucaryotes. Ils appartiennent à quatre classes: Sarcodina (amibes), Ciliophora (ciliés), Zoomastigophora (flagellés) et Apicomplexa. Les apicomplexies possèdent une structure connue sous le nom de complexe apical, tandis que les membres de Ciliophora ont des milliers de cils à la surface de l'organisme.
