La principale différence entre la SEP et la maladie de Lyme est que la maladie de Lyme est une maladie infectieuse alors que la SEP n'est pas une maladie inflammatoire sans origine infectieuse. Autrement dit, la sclérose en plaques est une maladie inflammatoire chronique auto-immune à médiation par les lymphocytes T affectant le système nerveux central. La maladie de Lyme, en revanche, est causée par un spirochète nommé Borrelia burgdoferi qui pénètre dans le corps humain par les piqûres de poux ou de tiques.
La sclérose en plaques et la maladie de Lyme sont des maladies qui peuvent affecter notre système neurologique.