Le différence clé entre le cis cyclohexane et le trans cyclohexane est que le cis cyclohexane a ses substituants pointant vers le même plan du cycle alors que le trans cyclohexane a ses substituants pointant vers des plans opposés.
Le cyclohexane est un cycloalcane dans lequel un cycle de carbone à six chaînons existe dans la conformation de la chaise. Dans la conformation chaise, ce composé a la déformation angulaire la plus faible; ainsi, il est plus stable que les autres conformations possibles. De plus, dans cette conformation, la moitié des atomes d'hydrogène liés aux atomes de carbone sont dans le plan du cycle. Nous appelons cela le positionnement équatorial. L'autre moitié est située perpendiculairement au plan de l'anneau. Nous appelons ce positionnement axial. Lorsqu'il y a deux substituants ou plus dans le cyclohexane, on peut observer l'isomérie cis et trans en observant si les substituants sont en position équatoriale ou en position axiale.
