Le différence clé entre l'hélicase et la topoisomérase est que l'hélicase est une enzyme qui sépare deux brins complémentaires d'ADN en rompant les liaisons hydrogène entre les bases de deux brins, tandis que la topoisomérase est une enzyme qui élimine les super-enroulements positifs et négatifs formés pendant le processus de déroulement de l'ADN en coupant et resceller un ou les deux brins du duplex d'ADN.
L'ADN est une double hélice. Il existe en deux brins complémentaires liés entre eux via des liaisons hydrogène. La réplication, la transcription et la réparation de l'ADN nécessitent que deux brins soient séparés l'un de l'autre pour faire de nouvelles copies, fabriquer de l'ARNm et ajouter des nucléotides à réparer. Les deux enzymes hélicase et topoisomérase entrent en jeu à ce stade. Par conséquent, l'hélicase et les topoisomérases sont essentielles dans le déroulement de l'ADN. L'hélicase sépare l'ADN double brin en simples brins en brisant les liaisons hydrogène entre les paires de bases nucléotidiques dans l'ADN double brin. En revanche, la topoisomérase dénoue la torsion de l'ADN et soulage la nature de la super-bobine d'ADN en coupant le squelette de phosphate d'ADN en un ou dans les deux brins.
