La principale différence entre la topoisomérase procaryote et eucaryote est l'origine cellulaire de la topoisomérase. Les topoisomérases procaryotes sont présentes dans les cellules d'origine cellulaire procaryote tandis que les topoisomérases eucaryotes sont présentes parmi les organismes d'origine cellulaire eucaryote. En outre, ils diffèrent également dans la distribution. Les topoisomérases procaryotes sont présentes dans le cytoplasme de la cellule tandis que les topoisomérases eucaryotes sont distribuées dans le noyau.
Une isomérase est un groupe d'enzymes qui catalysent le réarrangement structurel des molécules. La topoisomérase est un type d'isomérases. Il modifie la topologie de la molécule d'ADN en régulant le surenroulement de l'ADN. Il coupe et referme un ou les deux brins du duplex d'ADN. Par conséquent, l'ADN est capable de subir une réplication, une transcription, une réparation et une ségrégation chromosomique. Il existe deux types de topoisomérases à savoir la topoisomérase I et II.