La principale différence entre les ubiquinones et les cytochromes est que les ubiquinones (CoQ) ne sont pas des protéines tandis que les cytochromes sont des protéines.
La chaîne de transport d'électrons est la dernière étape de la respiration aérobie. Par conséquent, il se produit dans la membrane interne des mitochondries. De plus, il se compose de porteurs d'électrons qui facilitent la production d'un gradient de protons à travers la membrane. Outre le NAD et les flavoprotéines, les ubiquinones et les cytochromes sont deux types de porteurs d'électrons impliqués dans la chaîne de transport d'électrons. Les ubiquinones sont des molécules organiques hydrophobes solubles dans les lipides non protéiques, tandis que les cytochromes sont des protéines contenant du fer.