La principale différence entre la différenciation et la morphogenèse est que la différenciation décrit comment les cellules se spécialisent afin de remplir des fonctions uniques, tandis que la morphogenèse décrit le développement des formes d'organismes vivants.
Les organismes multicellulaires commencent leur vie à partir d'une cellule, forment une spore ou un zygote. Par conséquent, la différenciation cellulaire et la morphogenèse sont deux processus différents et majeurs qui se produisent pendant le développement d'un organisme multicellulaire. La différenciation est le processus de formation de différents types de cellules spécialisées. Cela conduit à la maturation des cellules et des tissus qui remplissent des fonctions spécifiques pour un organisme. D'autre part, la morphogenèse est le processus de développement de différentes formes d'organismes vivants. Il détermine la forme des cellules, des tissus, des organes ou des organismes.