La principale différence entre les bactéries et les archées est que les gènes des archées sont plus similaires à Eukarya qu'aux bactéries. De plus, les archées n'ont pas de peptidoglycane dans leurs parois cellulaires contrairement aux bactéries.
Tous les organismes vivants peuvent être classés en 3 domaines principaux: les archées, les bactéries et les eucarya. Les archées et les bactéries sont des organismes procaryotes dépourvus d'organites liés à la membrane et d'un noyau. Ce sont des organismes unicellulaires.