La principale différence entre l'ester et l'éther est que le groupe fonctionnel d'un ester est –COO, tandis que le groupe fonctionnel d'un éther est –O-.
L'ester et l'éther sont des molécules organiques avec des atomes d'oxygène. Les esters ont le groupe –COO. Ici, un atome d'oxygène est lié au carbone par une double liaison et l'autre oxygène est lié par une simple liaison. Puisque seulement trois atomes se connectent à l'atome de carbone, il a une géométrie plane trigonale autour de lui. De plus, l'atome de carbone est hybridé sp 2. De plus, un ester est un dérivé d'acide carboxylique. Un éther, par contre, a un atome d'oxygène avec deux liaisons simples avec deux groupes alkyle ou aryle. L'atome d'oxygène a également deux paires d'électrons isolées.