La principale différence entre les cyanobactéries et les protéobactéries ne peut être déduite spécifiquement. Cependant, les cyanobactéries, connues sous le nom d'algues bleu-vert, sont complètement photosynthétiques tandis que les protéobactéries sont composées d'une grande variété d'organismes Gram négatifs dont certains organismes sont photosynthétiques.
Même si les cyanobactéries et les protéobactéries partagent de nombreuses caractéristiques communes, basées sur leur capacité à photosynthétiser, elles peuvent différer les unes des autres. Cependant, ce sont tous deux des organismes importants sur le plan industriel ainsi que des organismes pathogènes.
