La principale différence entre les corps de Golgi et les mitochondries réside dans la fonction qu'ils remplissent. La fonction principale des corps de Golgi (ou appareil de Golgi) est la modification, le tri et le conditionnement des protéines pour la sécrétion tandis que la fonction principale des mitochondries est la production de la monnaie énergétique de la cellule (ATP) par la respiration.
Les cellules eucaryotes contiennent des organites cellulaires tels que les corps de Golgi, les mitochondries, les lysosomes, les ribosomes, le noyau, etc. Ce sont des organites vitales nécessaires aux fonctions cellulaires. Les corps de Golgi font partie du système endomembranaire qui comprend des vésicules et des membranes pliées, tandis que les mitochondries sont des organites en forme de haricot liés à une double membrane trouvés dans les cellules eucaryotes.