Le différence clé entre l'antigène et l'agent pathogène est que l'antigène est une substance étrangère, une toxine ou une molécule qui peut stimuler une réponse immunitaire afin de produire des anticorps contre lui, tandis que l'agent pathogène est un organisme, en particulier un microbe, qui infecte notre corps et provoque des maladies.
Les agents pathogènes sont tous les organismes étrangers qui causent des maladies chez les plantes et les animaux hôtes. Un antigène est une molécule située dans la paroi cellulaire des bactéries ou le revêtement des organismes. L'antigène amène notre système immunitaire à produire des anticorps contre lui et à protéger notre corps contre les organismes étrangers nocifs.