La principale différence entre l'antigène O et H est que l'antigène O est la partie la plus externe de la surface de la bactérie, tandis que l'antigène H est la structure filiforme élancée qui fait partie des flagelles.
Les antigènes sont des sites de reconnaissance moléculaire présents dans de nombreuses bactéries, champignons, virus, particules de poussière et autres particules cellulaires et non cellulaires qui pourraient être reconnus par le système immunitaire de l'hôte. Généralement, la plupart des antigènes sont présents à la surface cellulaire. Structurellement, les antigènes peuvent être des protéines, des acides aminés, des lipides, des glycolipides ou des glycoprotéines ou des marqueurs d'acide nucléique. Ces molécules possèdent une capacité spécifique à provoquer une réponse immunitaire chez l'hôte. Cette réponse immunitaire est provoquée par le déclenchement de la production d'anticorps en conséquence.
Les antigènes sont généralement utilisés dans le système d'identification des sérotypes des bactéries. Salmonella est un genre bactérien qui possède de nombreux sérotypes. Les sérotypes sont des groupes de micro-organismes au sein d'une même espèce. Ces sérotypes peuvent être distingués en utilisant la combinaison de l'antigène O et de l'antigène H. L'antigène O est une chaîne latérale LPS tandis que l'antigène H fait partie des flagelles.
