Différence clé - Amorces PCR vs amorces de séquençage
Avec les récents développements dans le domaine de la biologie moléculaire, différentes techniques génétiques ont été développées qui ont rendu les processus d'investigation des différentes avenues du sujet faciles et précis. La PCR et d'autres procédures de séquençage sont deux techniques importantes de ce type. Ils utilisent différents sous-composants. Les amorces sont considérées comme le sous-composant principal commun aux techniques de PCR et de séquençage. Les amorces de PCR sont utilisées pour l'amplification d'une séquence d'ADN particulière tandis que les amorces de séquençage sont utilisées dans le contexte du séquençage d'un fragment d'ADN avec l'intention de révéler son ordre spécifique de la séquence nucléotidique. C'est la principale différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage.
CONTENU
1. Présentation et différence clé
2. Que sont les amorces PCR
3. Que sont les amorces de séquençage
4. Similitudes entre les amorces PCR et les amorces de séquençage
5. Comparaison côte à côte - Amorces PCR vs amorces de séquençage sous forme tabulaire
6. Résumé
Que sont les amorces PCR?
La réaction en chaîne par polymérase (PCR) est une technique génétique qui est utilisée dans le domaine de la biologie moléculaire pour amplifier une ou quelques copies d'un segment d'ADN particulier et obtenir plusieurs millions de copies identiques. Dans une réaction PCR, différents composants sont utilisés, y compris des amorces. Les amorces sont de courts brins d'ADN d'une longueur de nucléotides de 18 à 25, ce qui les rend compatibles avec la région de début et de fin des fragments d'ADN à amplifier. Les apprêts peuvent être un apprêt direct et un apprêt inverse. Ces amorces se lient au fragment d'ADN aux points spécifiques où il permet à l'ADN polymérase de se lier à l'amorce spécifique à l'emplacement et d'initier la synthèse du nouveau brin d'ADN.
La sélection des amorces est un aspect important du processus de PCR. Le choix de la longueur de l'apprêt est important. La longueur idéale serait de 18 à 25 nucléotides. Si la longueur est trop courte ou trop longue, les amorces ne se lieront pas à la séquence d'ADN à amplifier avec précision. Des amorces de longueur trop courte conduisent à un annelage d'amorces non spécifiques à différents emplacements de la séquence d'ADN.
Figure 01: Amorces PCR
La teneur en guanine et cytosine (GC) dans un bon apprêt doit être comprise entre 40 et 60. La température d'hybridation des amorces et la température de fusion sont des facteurs vitaux pendant la PCR. La température de fusion doit être calculée avec précision et la température de recuit de l'amorce doit être inférieure de 5 0 C à la température de fusion. La température de fusion doit être de 60 ° C et 75 ° C. Des températures trop élevées ou trop basses entraîneront une activité d'ADN polymérase moins active.
Que sont les amorces de séquençage?
Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans l'intention de révéler son identité spécifique. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, des amorces et des modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque les amorces sont sélectionnées, elles doivent être uniques à une région particulière où nous souhaitons séquencer. Il doit également être avec une orientation correcte où les séquences sont généralement générées des extrémités 3 'à 5' des amorces. La séquence doit être dépourvue d'auto-hybridation indésirable telle que la formation de boucles en épingle à cheveux. Il ne doit pas contenir de formation consécutive de bases guanine.
La température de fusion (Tm) de l'amorce doit être adaptée aux conditions du séquençage. Par conséquent, il devrait se situer entre 52 o C et 74 o C. Préparation d'oligonucléotides à utiliser comme couche de fond doit être purifié pour obtenir la souhaitée sur toute la longueur de la séquence. Si les oligonucléotides contiennent des impuretés, la signalisation de la séquence d'amorces sera superposée à partir de différents sites d'amorçage, et elle diminuera également le nombre de cellules de base.
Figure 02: Amorces de séquençage
La température de fusion de l'amorce (Tm) d'un oligonucléotide détermine la force d'hybridation des brins d'ADN complémentaires les uns avec les autres. Tm peut être considéré comme un calcul thermodynamique où il dépend à la fois des séquences d'ADN et de plusieurs conditions telles que la concentration en sel. La Tm est importante pendant la PCR où une variante appelée séquençage de cycle est utilisée pour produire un groupe de fragments terminés par un didésoxynucléotide. Ici, l'amorce qui est séquencée sera initialement annelée en variante, puis étendue et enfin dénaturée pour l'amplification. Par conséquent, la valeur Tm doit être comprise entre 52 o C et 74 oC. Les oligonucléotides synthétisés peuvent être obtenus auprès des laboratoires de synthèse d'ADN / ARN selon le choix. La petite échelle de synthèse utilisée pour le séquençage de l'ADN est généralement de 50 nmol. Plus important encore, les amorces utilisées pour le séquençage doivent être purifiées pour être exemptes d'impuretés qui empêcheront la réduction de la qualité.
Quelles sont les similitudes entre les amorces PCR et les amorces de séquençage?
- Les amorces de PCR et les amorces de séquençage sont des amorces qui sont utilisées dans le processus d'amplification d'une séquence d'ADN ciblée.
- Les amorces de PCR et les amorces de séquençage sont composées de nucléotides.
- Les amorces PCR et les amorces de séquençage sont des oligomères courts.
Quelle est la différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage?
Diff article au milieu avant la table
Amorces PCR vs amorces de séquençage |
|
| Les amorces de PCR sont de courts brins d'ADN avec une longueur de séquence nucléotidique de 18 à 25, ce qui les rend compatibles avec la région de début et de fin des fragments d'ADN qui doivent être amplifiés. | Les amorces de séquençage sont des oligomères courts qui sont utilisés dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans le but de révéler son identité spécifique. |
| Une fonction | |
| Les amorces PCR sont utilisées pour l'amplification d'une séquence d'ADN particulière. | Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans l'intention de révéler son identité spécifique. |
| Nombre d'amorces nécessaires | |
| Deux amorces; une amorce sens et une amorce inverse sont utilisées comme amorces PCR. | Besoin d'une seule amorce comme amorce de séquençage. |
Résumé - Amorces PCR vs amorces de séquençage
Les amorces de séquençage sont utilisées dans le cadre du séquençage d'un fragment d'ADN dans l'intention de révéler son identité spécifique. Une amorce de séquençage sera suffisante pour exécuter le processus. Pour obtenir de bons résultats de séquençage, des amorces et des modèles de haute qualité sont importants. Ainsi, lorsque les amorces sont sélectionnées, elles doivent être uniques à une région particulière où nous souhaitons séquencer. Les amorces de PCR sont de courts brins d'ADN d'une longueur de nucléotides de 18 à 25 qui est compatible avec la région de début et de fin des fragments d'ADN qui doivent être amplifiés. Les amorces PCR peuvent être une amorce directe et une amorce inverse. La teneur en guanine et cytosine (GC) dans un bon apprêt doit être comprise entre 40 et 60. La température d'hybridation des amorces et la température de fusion sont des aspects vitaux pendant la PCR. C'est la différence entre les amorces PCR et les amorces de séquençage.
