La principale différence entre le séquençage de fusil de chasse et le séquençage de nouvelle génération est que le séquençage de fusil de chasse est une méthode de séquençage qui divise au hasard les séquences d'ADN en de nombreux petits fragments et réassemble la séquence en observant les régions qui se chevauchent, tandis que le séquençage de prochaine génération (NGS) est une méthode avancée de séquençage génétique qui dépend de l'électrophorèse capillaire.
Le séquençage est le processus qui détermine l'ordre précis des nucléotides dans un gène, un groupe de gènes, un chromosome et un génome complet. Il est très important dans les études génomiques, les études médico-légales, la virologie, la systématique biologique, le diagnostic médical, la biotechnologie et dans de nombreux autres domaines d'analyser la structure et la fonction des gènes et l'identification des organismes. En outre, il existe différents types de méthodes de séquençage disponibles. Le séquençage de fusil de chasse et le séquençage de nouvelle génération sont deux méthodes avancées parmi elles.