Différence clé - Microarray vs séquençage de nouvelle génération
Les procédés de séquençage de l'ADN sont largement utilisés dans les domaines de la biotechnologie, de la virologie, du diagnostic médical et des sciences judiciaires. C'est un processus qui détermine l'ordre exact des nucléotides, adénine, guanine, thymine et cytosine présents dans une molécule d'ADN. Les procédures de séquençage de l'ADN sont devenues un accélérateur de découvertes miraculeuses dans la recherche médicale et biologique. Ces méthodes de séquençage ont évolué jusqu'au séquençage d'un génome complet d'organismes individuels, y compris les humains et d'autres espèces vivantes. Les puces à ADN et le séquençage de nouvelle génération sont des procédures modernes de séquençage d'ADN. La technique des microréseaux est spécifiquement basée sur l'hybridation qui contient un ensemble de cibles connues. Le séquençage de nouvelle génération est basé sur la synthèse (qui utilise l'ADN polymérase pour incorporer des nucléotides) et a la capacité de séquencer le génome entier indépendamment des cibles précédemment sélectionnées. C'est la principale différence entre le microarray et le séquençage de nouvelle génération.
CONTENU
1. Présentation et différence clé
2. Qu'est-ce que la puce à ADN
3. Qu'est-ce que le séquençage de nouvelle génération
4. Similitudes entre la puce à ADN et le séquençage de nouvelle génération
5. Comparaison côte à côte - Microarray vs séquençage de nouvelle génération sous forme tabulaire
6. Résumé
Qu'est-ce que la puce à ADN?
La puce à ADN est utilisée comme outil de laboratoire afin d'identifier des milliers d'expressions génétiques différentes en même temps. C'est une surface solide, c'est-à-dire une lame de microscope, qui contient une collection de taches d'ADN microscopiques imprimées dessus. Chaque point imprimé contient une séquence de gène connue ou un gène. Ces sondes connues imprimées sur la lame servent de sondes pour détecter l'expression génique. Ceci est connu comme un transcriptome. L'hybridation entre deux brins d'ADN est le principal principe sur lequel reposent les microréseaux. C'est l'appariement de bases complémentaire des séquences d'acide nucléique avec la formation de liaisons hydrogène.
Figure 01: Microarray
Initialement, les molécules d'ARNm sont collectées à partir de l'échantillon expérimental et de l'échantillon de référence obtenus à partir d'un individu en bonne santé. Des échantillons expérimentaux sont obtenus à partir d'individus malades; par exemple, une personne souffrant d'un cancer. Une fois obtenus, les deux échantillons d'ARNm sont convertis en ADNc (ADN complémentaire). Ensuite, chaque échantillon est étiqueté à l'aide d'une sonde fluorescente. Les sondes fluorescentes sont de couleurs différentes pour distinguer l'ADNc échantillon de l'ADNc de référence. Afin d'initier la liaison des molécules d'ADNc à la lame de microréseau, les deux échantillons sont mélangés ensemble. L'hybridation est le processus par lequel les molécules d'ADNc se fixent aux sondes d'ADN sur la lame de microréseau. Une fois l'hybridation terminée,une série de réactions ont lieu afin d'identifier et de mesurer l'expression de chaque gène avec l'apparition de couleurs différentes en fonction de la quantité du gène exprimé. Les résultats des microréseaux sont utilisés dans la création d'un profil d'expression génique qui peut être utilisé pour identifier différentes maladies.
Qu'est-ce que le séquençage de nouvelle génération?
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une méthode avancée de séquençage génétique. Son principe est similaire à celui du séquençage de Sanger, qui dépend de l'électrophorèse capillaire. Dans NGS, le brin génomique est fragmenté et ligaturé à un brin matrice. Les bases de chaque brin sont identifiées par les signaux émis lors de son processus de ligature. Dans la méthode de séquençage de Sanger, trois étapes distinctes, le séquençage, la séparation et la détection sont impliquées. En raison de ces étapes distinctes, l'automatisation de la préparation des échantillons est limitée en débit. Dans le NGS, la technique est développée en utilisant un séquençage basé sur une matrice avec la combinaison des étapes de la procédure de séquençage de Sanger qui peut provoquer la réalisation de millions de séries de réactions en parallèle en même temps; il en résulte une vitesse et un débit élevés à un faible coût.
Figure 02: Développements dans NGS
NGS est composé de trois étapes; préparation de la bibliothèque (création de bibliothèques avec l'utilisation de la fragmentation aléatoire de l'ADN), amplification (amplification de la bibliothèque par amplification clonale et PCR) et séquençage. Les processus de séquençage du génome qui sont effectués pendant des durées extrêmement longues en utilisant la procédure de séquençage de Sanger pourraient être achevés en quelques heures en utilisant NGS.
Quelle est la similitude entre la puce à ADN et le séquençage de nouvelle génération?
Le séquençage de puces à ADN et de nouvelle génération est développé à l'aide d'un séquençage basé sur une matrice
Quelle est la différence entre la puce à ADN et le séquençage de nouvelle génération?
Diff article au milieu avant la table
Microarray vs séquençage de nouvelle génération |
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| Microarray est une collection de taches d'ADN microscopiques attachées à une surface solide, qui est utilisée pour mesurer les niveaux d'expression d'un grand nombre de gènes simultanément. | NGS (Next-generation sequencing) est une technologie de séquençage d'ADN à haut débit non basée sur Sanger qui facilite le séquençage en parallèle de millions ou de milliards de brins d'ADN. |
| Interactions avec l'antigène | |
| Microarray est basé sur l'hybridation qui est composée d'un ensemble de cibles connues. | Le NGS est basé sur une synthèse qui utilise l'ADN polymérase pour incorporer des nucléotides et est indépendante des cibles précédemment sélectionnées. |
Résumé - Microarray vs séquençage de nouvelle génération
Dans le cadre de la recherche, le séquençage de l'ADN est devenu un accélérateur important. Il est largement utilisé dans la biotechnologie, le diagnostic médical et les études médico-légales. Il a évolué et est devenu des procédures de séquençage plus efficaces et plus rapides. Les puces à ADN et NGS sont deux techniques avancées de séquençage d'ADN présentes. Les deux sont développés en utilisant le séquençage basé sur des tableaux. La technique des microréseaux repose sur l'hybridation tandis que le NGS est basé sur la synthèse, qui utilise l'ADN polymérase pour incorporer des nucléotides. C'est la principale différence entre le séquençage Microarray et Next Generation.
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