Différence clé - Séquençage Exome vs ARN
Le séquençage des acides nucléiques est la technique qui détermine l'ordre des nucléotides dans un fragment particulier d'ADN ou d'ARN d'un organisme. Le séquençage est important pour identifier la composition d'ADN et d'ARN de la cellule et pour distinguer certains gènes qui codent pour des protéines fonctionnelles; ainsi, le séquençage peut être utilisé pour comprendre les mutations de ces gènes et expressions génétiques. La méthode de séquençage de Sanger ou les méthodes de séquençage de nouvelle génération les plus avancées sont les méthodes de séquençage couramment utilisées. Le séquençage de l'exome est le séquençage de l'ensemble complet d'exons ou de régions d'ADN codantes présentes dans un organisme, tandis que le séquençage d'ARN est la procédure de séquençage des acides ribonucléiques (ARN). C'est la principale différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN.
CONTENU
1. Présentation et différence clé
2. Qu'est-ce que le séquençage de l'exome
3. Qu'est-ce que le séquençage de l'ARN
4. Similitudes entre le séquençage de l'exome et de l'ARN
5. Comparaison côte à côte - Séquençage de l'exome et de l'ARN sous forme tabulaire
6. Résumé
Qu'est-ce que le séquençage Exome?
L'exome est un sous-ensemble du génome qui se compose des gènes codants d'un organisme particulier. Les gènes codants sont appelés exons et sont transcrits en ARNm puis traduits en séquences d'acides aminés. Lors des modifications post-transcriptionnelles, le mécanisme d'épissage de l'ARN chez les eucaryotes supprime les introns (régions non codantes) et les exons restent. Il existe deux techniques principales dans lesquelles le séquençage de l'exome est effectué: basé sur une solution et basé sur un tableau.
Dans le séquençage d'exome à base de solution, les échantillons d'ADN sont fragmentés en utilisant des enzymes de restriction ou une méthode mécanique et dénaturés par la chaleur. Dans cette technique, des sondes oligonucléotidiques biotinylées (appâts) sont utilisées pour s'hybrider sélectivement avec des régions cibles dans le génome. Des billes magnétiques de streptavidine sont utilisées pour l'étape de liaison. La liaison est suivie d'une étape de lavage où les séquences non liées et non ciblées sont éliminées par lavage. Les cibles liées sont ensuite amplifiées en utilisant la réaction en chaîne par polymérase (PCR) puis sont séquencées en utilisant des techniques de séquençage de Sanger ou de séquençage de nouvelle génération.
Figure 01: Séquençage de l'exome
La méthode basée sur un réseau est également similaire à la méthode basée sur une solution, sauf que les fragments d'ADN sont capturés dans un micro-réseau, puis les étapes de liaison et de lavage suivent avant d'être séquencés.
Le séquençage de l'exome est utilisé dans de nombreuses applications telles que le diagnostic génétique des maladies, la thérapie génique, l'identification de nouveaux marqueurs génétiques, en agriculture pour identifier divers traits agronomiques bénéfiques et dans les procédures de sélection végétale.
Qu'est-ce que le séquençage d'ARN?
Le séquençage de l'ARN est basé sur le transcriptome, qui est le transcrit complet de la cellule. Les principaux objectifs du séquençage de l'ARN sont de cataloguer toutes les espèces du transcrit, y compris l'ARNm, l'ARN non codant et le petit ARN, afin de déterminer la structure transcriptionnelle des gènes et de quantifier les niveaux d'expression de chaque transcrit au cours du développement. Lors du séquençage de l'ARN, les technologies d'hybridation (qui étaient de l'ADN complémentaire dérivé de séquences d'ARNm matures) ont été initialement utilisées pour le séquençage. À l'heure actuelle, une technique de production plus précise et plus avancée est utilisée pour le séquençage de l'ARN.
Figure 02: Séquençage de l'ARN
Dans le séquençage d'ARN, un échantillon d'ARN qui peut être de l'ARN total ou de l'ARN fractionné est converti en son ADN complémentaire (ADNc) en utilisant la transcription inverse, et une banque d'ADNc est préparée. Chaque fragment d'ADNc est attaché à des adaptateurs des deux côtés (séquençage à l'extrémité de la paire) ou d'un côté (séquençage à une seule extrémité). Ces séquences marquées sont séquencées à l'aide du séquençage de Sanger ou de la prochaine génération, comme le séquençage d'exome.
Quelles sont les similitudes entre le séquençage de l'exome et de l'ARN?
- Des fragments courts sélectionnés ou l'ensemble complet d'ADN / ARN peuvent être utilisés pour le séquençage de l'exome ou de l'ARN.
- Les fragments séquencés sont conservés dans les bibliothèques.
- Le séquençage Sanger ou le séquençage de nouvelle génération peuvent être utilisés.
- Les deux sont des méthodes de séquençage in vitro.
- Les fragments séquencés peuvent être déterminés par des marqueurs fluorescents.
Quelle est la différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN?
Diff article au milieu avant la table
Séquençage Exome vs ARN |
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| Le séquençage des exomes est le séquençage de l'ensemble complet d'exons ou de régions d'ADN codantes présentes dans un organisme. | Le séquençage de l'ARN fait référence à la procédure de séquençage des acides ribonucléiques (ARN); le transcriptome. |
| Échantillon de départ | |
| L'ADN génomique est l'échantillon de départ du séquençage de l'exome. | L'ARN est l'échantillon de départ du séquençage d'ARN. |
| Composition | |
| Celui-ci ne contient que des régions codantes de l'ADN total connues sous le nom d'exons | Celui-ci contient de l'ARN-ARNm / transcriptome. |
| Séquençage | |
| Il existe deux méthodes principales de séquençage de l'exome; technologies basées sur des solutions et des baies. | Le séquençage de l'ARN se fait via la préparation d'une banque d'ADNc par extraction de l'ARN total ou de l'ARN fragmenté. |
Résumé - Séquençage Exome vs ARN
Exome est l'ensemble complet des régions codantes d'un organisme et les techniques impliquées dans la détermination de l'ordre exact des nucléotides de l'Exome sont connues sous le nom de séquençage de l'exome. Le séquençage de l'ARN est la technique impliquée dans la détermination de l'ordre nucléotidique de l'ARN d'un organisme. C'est la différence entre le séquençage de l'exome et de l'ARN.
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