La principale différence entre le chromosome polytène et le chromosome lampbrush est que le chromosome polytène est un chromosome géant à six bras et bandes présent dans de nombreuses espèces de mouches dipteron, tandis que le chromosome lampbrush est un chromosome géant présent dans les ovocytes de vertébrés qui ont l'apparence d'un lampbrush.
Un chromosome fait référence à une structure en forme de fil composée de molécules d'ADN et de protéines histones étroitement emballées. Il a également une forme typique et une taille moyenne. Cependant, certaines cellules animales contiennent des chromosomes de très grande taille. Structurellement, ce sont des chromosomes géants. Parmi ces chromosomes géants, le polytène et le chromosome lampbrush sont deux exemples.