La principale différence entre la néphridie et les tubules de Malpighi dépend de leur présence dans les organismes. Les néphridies sont présentes dans les organismes inférieurs tels que les vers et les mollusques tandis que les tubules de Malpighi sont présents dans les régions postérieures des insectes et des arthropodes terrestres.
L'excrétion est un aspect important des organismes vivants. Les voies métaboliques génèrent divers produits excréteurs comme sous-produits. Cependant, l'accumulation de déchets dans un système corporel vivant est toxique et nocif. Par conséquent, la présence d'un mécanisme pour éliminer les déchets métaboliques du corps par un système d'excrétion est un must. Par conséquent, différents types d'organes excréteurs sont présents dans différents groupes d'organismes. La néphridie et les tubules de Malpighi sont deux exemples de tels organes excréteurs.
