La principale différence entre le co-transport et le contre-transport est que le co-transport est une forme de transport actif secondaire qui transporte deux types de molécules simultanément à travers la membrane plasmique dans la même direction ou dans une direction opposée. D'autre part, le contre-transport est l'une des deux formes de co-transport qui transporte deux types de molécules simultanément dans une direction opposée l'une à l'autre à travers la membrane cellulaire.
Les molécules entrent et sortent via la membrane plasmique sélective de la cellule. Il existe plusieurs types de protéines de transport membranaire. Le cotransport et le contre-transport sont deux types de transport actif secondaire. Le cotransport transporte deux types de molécules différents en même temps dans un mouvement couplé tandis que le contre-transport ou l'échange est un type de co-transport qui transporte deux types de molécules dans la direction opposée à travers la membrane.