La principale différence entre les introns et les exons est que les introns sont des séquences non codantes d'un gène tandis que les exons sont des séquences codantes. Par conséquent, les introns n'apparaissent pas dans les molécules d'ARNm matures tandis que les exons forment collectivement la molécule d'ARN finale.
Les introns et les exons sont des termes fréquemment utilisés dans le domaine de la biologie moléculaire, mais lorsque quelqu'un commence à se familiariser avec ces termes, une confusion survient car ce sont tous deux des séquences nucléotidiques de gènes.