La principale différence entre la théorie des orbitales moléculaires et la théorie de l'hybridation est que la théorie des orbitales moléculaires décrit la formation d'orbitales de liaison et d'anti-liaison, tandis que la théorie de l'hybridation décrit la formation d'orbitales hybrides.
Il existe différentes théories développées pour déterminer les structures électroniques et orbitales des molécules. La théorie VSEPR, la théorie de Lewis, la théorie des liaisons de valence, la théorie de l'hybridation et la théorie des orbitales moléculaires sont des théories si importantes. La théorie la plus acceptable parmi elles est la théorie des orbitales moléculaires.