Le différence clé entre les auxotrophes et les prototrophes est que les auxotrophes sont des microorganismes mutants qui ont perdu la capacité de produire un composé organique particulier nécessaire à leur croissance, tandis que les prototrophes sont des microorganismes de type sauvage capables de produire tous les composés organiques nécessaires.
Les micro-organismes présentent différents modes de nutrition. En particulier, les bactéries ont des capacités différentes. Certaines bactéries sont capables de photosynthétiser et de produire leur propre nourriture tandis que certaines bactéries vivent en symbiose avec leur organisme hôte et obtiennent des nutriments. De plus, certaines bactéries dégradent la matière organique et acquièrent des nutriments. Les auxotrophes et les prototrophes sont deux groupes de micro-organismes qui diffèrent en fonction de leur capacité à produire des composés organiques pour leur croissance. Les prototrophes peuvent synthétiser tous les composés organiques nécessaires à leur croissance tandis que les autotrophes sont incapables de produire un composé organique particulier qui est essentiel à sa croissance en raison d'une mutation.
