La principale différence entre la synténie et la colinéarité est que la synténie est la co-localisation physique de locus génétiques sur le même chromosome chez les espèces, tandis que la colinéarité est la co-localisation physique de locus génétiques sur le même chromosome dans différentes espèces conservant le même ordre.
Synténie et colinéarité sont deux termes utilisés de manière interchangeable en génomique. Les deux termes décrivent les modèles de localisation des gènes sur les chromosomes chez différentes espèces. Ces arrangements génétiques liés entre les taxons sont des informations précieuses pour déduire l'ascendance partagée des gènes. La synténie fait référence à la co-localisation physique de locus génétiques sur le même chromosome chez les espèces. La colinéarité fait référence à la co-localisation physique de locus génétiques sur le même chromosome dans différentes espèces conservant le même ordre. C'est donc une forme de synténie.
