La principale différence entre les protéines complètes et incomplètes est que les protéines complètes contiennent des quantités suffisantes des neuf acides aminés essentiels tandis que les protéines incomplètes manquent d'un ou plusieurs des neuf acides aminés essentiels.
Les protéines sont des macromolécules qui remplissent de nombreuses fonctions importantes dans notre corps. Comme elles sont très diverses, ces protéines remplissent de nombreuses fonctions différentes dans notre corps, y compris la catalyse enzymatique, les fonctions défensives, de transport, de soutien, de mouvement et de régulation. Vingt acides aminés différents agissent comme les éléments de base pour fabriquer d'énormes molécules de protéines. En général, les séquences d'acides aminés et la nature chimique de leur chaîne latérale (groupe R) déterminent la structure primaire, la taille, la forme et la longueur de chaque molécule de protéine; par conséquent, chaque protéine est unique dans notre corps.
Les acides aminés présents dans les protéines peuvent être classés en deux: les acides aminés essentiels et non essentiels. Les acides aminés non essentiels peuvent être produits dans le corps lui-même, tandis que les acides aminés essentiels doivent être obtenus via les aliments car ils ne peuvent pas être produits par le corps lui-même. Il est essentiel de prendre des aliments riches en protéines afin d'obtenir tous les acides aminés essentiels nécessaires au maintien des fonctions les plus importantes de l'organisme. Les termes «complet» et «incomplet» catégorisent principalement les sources de protéines en fonction du type d'acides aminés qu'ils contiennent.