Le différence clé entre les hyphes cloisonnés et aseptés est que les hyphes cloisonnés ont des cloisons ou des parois transversales qui divisent les hyphes en cellules distinctes, tandis que les hyphes aseptés manquent de septa.
Les hyphes sont de longs filaments ou des structures filiformes de champignons. Les hyphes représentent la structure végétative des champignons. Le mycélium est la collection d'hyphes d'un champignon. Les hyphes fongiques sont constitués de cellules entourées d'une paroi cellulaire fabriquée à partir de chitine. Afin de séparer les cellules dans les hyphes, il existe des parois transversales perforées appelées septa. Mais les septa ne sont pas présents dans les hyphes de tous les champignons. Par conséquent, sur la base de la présence et de l'absence de septa, les hyphes ont deux types: les hyphes cloisonnés et les hyphes aseptates.