La principale différence entre opsonisation et neutralisation repose sur la façon dont ils exécutent la réponse immunologique. En opsonisation, les agents pathogènes sont marqués avant d'être détruits alors qu'en neutralisation, l'effet de l'agent pathogène est neutralisé.
Les réponses immunologiques peuvent être innées ou adaptatives. Les agents pathogènes possèdent des récepteurs de reconnaissance des agents pathogènes, qui facilitent leur identification par l'hôte. En opsonisation, l'hôte produit des opsonines. Cependant, lors de la neutralisation, l'hôte produit des anticorps neutralisants pour neutraliser l'effet de la réaction anticorps-antigène.
