La principale différence entre la phagocytose et l'opsonisation est que la phagocytose est un mécanisme exécuté par certaines cellules ou certains organismes pour ingérer ou engloutir des particules étrangères, tandis que l'opsonisation est le processus par lequel les agents pathogènes sont éliminés du système lorsqu'ils sont marqués au moyen d'ophonines.
Les réponses immunologiques peuvent être innées ou adaptatives. Les agents pathogènes possèdent des récepteurs de reconnaissance d'agents pathogènes qui facilitent leur identification par l'hôte. L'opsonisation et la phagocytose sont deux réponses immunologiques. Lors de l'opsonisation, l'hôte identifie et marque les particules envahissantes en vue de leur destruction par la production d'opsonines. La phagocytose est un mécanisme par lequel certaines cellules immunitaires engloutissent et détruisent les particules envahissantes ou les particules étrangères du corps.