La principale différence entre les protostomes et les deutérostomes est que dans les protostomes, le blastopore devient la bouche, tandis que dans les deutérostomes, il devient l'anus. Une autre différence majeure est que les embryons de protostomes subissent un clivage en spirale tandis que les embryons de deutérostomes subissent un clivage radial.
Pour comprendre ces deux termes, il serait important de prêter attention à la manière dont se déroule le développement embryonnaire des organismes. Il serait particulièrement important de considérer les animaux avec un coelome, qui est une cavité remplie de liquide située entre l'endoderme (intestin) et le mésoderme (principalement la couche musculaire); en d'autres termes, le coelome est le péritoine chez les mammifères. Les protostomes et les deutérostomes sont les deux principaux types d'animaux coelomates, et il existe de nombreuses différences entre eux. Ils diffèrent principalement par la manière dont leur bouche et leur anus se forment au cours des développements embryonnaires.