La principale différence entre la géitonogamie et la xénogamie est que la géitonogamie est le transfert de pollen sur la stigmatisation d'une autre fleur de la même plante, tandis que la xénogamie est le transfert de pollen sur la stigmatisation d'une autre fleur qui appartient à une plante génétiquement différente. La géitonogamie est un type d'auto-pollinisation tandis que la xénogamie est un type de pollinisation croisée.
Les angiospermes dépendent de la pollinisation pour la fertilisation et la production de graines. Les pollens des anthères sont transférés dans la stigmatisation des pistils lors de la pollinisation. La pollinisation peut avoir lieu entre les parties mâle-femelle d'une même fleur ou entre deux fleurs de la même plante ou entre deux fleurs des différentes plantes. Si la pollinisation se produit entre deux fleurs d'une même plante, on parle de géitonogamie tandis que si elle se produit entre deux fleurs de plantes différentes, on parle de xénogamie.
