La principale différence entre E. coli et Pseudomonas aeruginosa est que E. coli est une espèce bactérienne anaérobie facultative qui appartient à la famille des Enterobacteriaceae et au genre Escherichia, tandis que P. aeruginosa est une espèce bactérienne aérobie qui appartient à la famille des Pseudomonadadaceae et au genre Pseudomonas.
E. coli et Pseudomonas aeruginosa sont des bactéries à Gram négatif, en forme de bâtonnet et mobiles. De plus, ce sont des bactéries encapsulées. Mais, E. coli est une espèce du genre Escherichia tandis que P. aeruginosa est une espèce du genre Pseudomonas.