La principale différence entre les protomères et les capsomères est que les protomères sont des unités structurales de protéines oligomères, tandis que les capsomères sont des protéines individuelles composées de protomères, qui sont des sous-unités structurelles de la capside virale.
Un virus est un parasite intracellulaire obligatoire, qui est une particule infectieuse. La capside est l'un des deux principaux composants d'une particule virale. C'est une enveloppe protéique qui entoure et protège le génome viral. Une capside comprend des protomères, qui sont les unités structurales des protéines oligomères. Le capsomère est une sous-unité structurelle de la capside virale, et c'est une agrégation de plusieurs protomères en tant qu'unité. Ainsi, les protomères s'auto-assemblent pour former un capsomère et les capsomères s'auto-assemblent pour former une capside.