La principale différence entre les récepteurs AMPA et NMDA est que l'agoniste spécifique du récepteur AMPA est l'acide alpha-amino - 3 - hydroxyl - 5 - méthyl - 4 - isoxazole propionique (AMPA), tandis que l'agoniste spécifique du récepteur NMDA est le N - méthyle - D - aspartate (NMDA).
Il existe trois principaux types de récepteurs du glutamate. Leur différence est basée sur l'agoniste qui se lie pour l'activation du récepteur pour la liaison du glutamate. La liaison du glutamate ouvrira les canaux ioniques pour le transport des ions sodium et potassium. En outre, les récepteurs NMDA facilitent également le flux d'ions calcium à travers la membrane.