Le différence clé entre l'hémocyanine et l'hémoglobine est que l'hémocyanine est un pigment respiratoire extracellulaire contenant du cuivre présent dans certains sang d'invertébrés, tandis que l'hémoglobine est un pigment respiratoire intracellulaire contenant du fer présent dans le sang des vertébrés.
Dans les organismes aérobies, les échanges gazeux se produisent à travers les métalloprotéines présentes dans le sang. Par conséquent, l'hémocyanine et l'hémoglobine sont deux métalloprotéines qui facilitent les échanges gazeux chez les animaux invertébrés et les animaux vertébrés, respectivement. L'hémocyanine est un pigment respiratoire contenant du cuivre qui se trouve en suspension dans l'hémolymphe des invertébrés. En revanche, l'hémoglobine est un pigment respiratoire contenant du fer qui est lié aux globules rouges des vertébrés. La forme oxygénée de l'hémocyanine est de couleur bleue. Mais, la forme oxygénée de l'hémoglobine est de couleur rouge vif.