Différence clé - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green et Taqman sont deux méthodes utilisées pour détecter ou surveiller le processus d'amplification de la PCR en temps réel. SYBR Green est une méthode basée sur l'intercalation d'un colorant de coloration d'acide nucléique tandis que Taqman est une méthode basée sur une sonde d'hydrolyse. Les deux technologies sont conçues pour générer une fluorescence pendant la PCR, ce qui permet à la machine PCR en temps réel de surveiller la réaction en «temps réel». La méthode SYBR Green est réalisée à l'aide d'un colorant fluorescent appelé SYBR green et détecte l'amplification en liant le colorant à l'ADN double brin produit. Taqman est réalisé à l'aide de sondes à double marquage et détecte l'amplification par dégradation de la sonde par la Taq polymérase et relargages du fluorophore. C'est la principale différence entre SYBR Green et Taqman.
CONTENU
1. Aperçu et différence clé
2. Qu'est-ce que SYBR Green
3. Qu'est-ce que Taqman
4. Comparaison côte à côte - SYBR Green vs Taqman
5. Résumé
Qu'est-ce que SYBR Green?
SYBR Green est un colorant fluorescent utilisé pour colorer les acides nucléiques, en particulier l'ADN double brin en biologie moléculaire. La méthode SYBR Green est utilisée pour quantifier les produits de PCR pendant la PCR en temps réel. Une fois qu'il se lie à l'ADN, le complexe ADN-colorant qui en résulte absorbe la lumière bleue et émet une lumière verte intense. Cela se produit en raison du changement structurel qui se produit dans la molécule de colorant lors de la liaison avec de l'ADN double brin. Lorsque la PCR crée de plus en plus d'ADN, de plus en plus de molécules de colorant se lient à l'ADN, générant plus de fluorescence. Par conséquent, la fluorescence augmente avec l'accumulation du produit PCR. Par conséquent, la quantité de produit de PCR peut être mesurée quantitativement par la détection de fluorescence SYBR Green.
Le colorant vert SYBR peut également être utilisé pour le marquage de l'ADN en cytométrie et en microscopie fluorescente. Le bromure d'éthidium a été remplacé avec succès par SYBR Green car le bromure d'éthidium est un colorant cancérigène avec des problèmes d'élimination lors de la visualisation de l'ADN dans l'électrophorèse sur gel.
La méthode verte SYBR présente des avantages et des inconvénients. Cette méthode est très sensible, peu coûteuse et facile à utiliser. Cependant, en raison de sa capacité à se lier à tout ADN double brin, une liaison non spécifique peut conduire à une sur-quantification du produit PCR.
Figure 01: Technique SYBR Green
Qu'est-ce que Taqman?
Taqman est une méthode alternative à SYBR Green pour surveiller le processus de PCR en temps réel. Cette méthode dépend de l'activité exonucléase 5 '- 3' de l'enzyme Taq polymérase pour dégrader les sondes lors de l'extension du nouveau brin et de la libération de fluorophore. Des sondes à double marquage sont utilisées dans cette méthode et elle est basée sur l'hydrolyse des sondes. Les sondes sont des oligonucléotides d'ADN marqués par fluorescence ayant une molécule rapporteur fluorescente (fluorophore) à l'extrémité 5 'et une molécule d'extinction à l'extrémité 3'. Ils sont conçus pour se lier à la matrice simple brin sur le côté opposé des recuits d'amorce. La Taq polymérase ajoute des nucléotides à l'amorce et étend le nouveau brin vers les sondes à double marquage. Une fois que la polymérase Taq rencontre la sonde, l'action d'exonucléase de la polymérase Taq active et dégrade la sonde. Une fois la synthèse du nouveau brin terminée, la sonde est soumise à une dégradation complète et libère le fluorophore. La libération de fluorophore génère une fluorescence. La molécule fluorescente Quencher éteint efficacement la lumière émise et crée la sortie pour la quantification du produit PCR. La libération de fluorophores et la quantité de produits de PCR sont proportionnelles. Par conséquent, la quantification peut être facilement effectuée par la méthode Taqman.la quantification peut être facilement effectuée par la méthode Taqman.la quantification peut être facilement effectuée par la méthode Taqman.
Figure 02: Méthode Taqman
La méthode Taqman est utilisée dans la PCR en temps réel, la quantification de l'expression génique, la détection des polymorphismes génétiques, la quantification des délétions d'ADN chromosomique, l'identification bactérienne, la vérification de l'analyse des puces à ADN, le génotypage SNP, etc.
Quelle est la différence entre SYBR green et Taqman?
Diff article au milieu avant la table
SYBR Green contre Taqman |
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| SYBR Green est basé sur un colorant de liaison à l'ADN. | Taqman dépend des sondes d'hybridation et de l'activité d'exonucléase 5 'à 3' de la Taq polymérase. |
| Sondes étiquetées fluorescentes | |
| Aucune sonde marquée par fluorescence n'est requise. | Des sondes à double marquage sont nécessaires. |
| Analyse génétique multiplex | |
| Il ne peut pas être utilisé pour des cibles de gène multiplex. | Il peut être utilisé pour des cibles de gène multiplex. |
| Coût | |
| C'est moins cher. | C'est plus cher. |
| Spécificité | |
| Ceci est moins spécifique et se lie à tout ADN double brin | Ceux-ci sont très spécifiques car les sondes détectent les produits d'amplification spécifiques. |
| Efficacité | |
| C'est moins efficace. | C'est très efficace. |
| Application | |
| Ceci est utilisé dans la PCR en temps réel, la visualisation sur gel d'agarose, le marquage ADN, etc. | Ceci est utilisé dans la PCR en temps réel, la quantification de l'expression génique, la détection des polymorphismes génétiques, etc. |
Résumé - SYBR Green et Taqman
Taqman et SYBR green sont deux méthodes utilisées dans la PCR en temps réel (PCR quantitative). Les deux méthodes permettent la quantification efficace du produit PCR et reposent sur l'émission de la fluorescence. La méthode Taqman utilise des sondes à double marquage pour la détection de l'ADN accumulé tandis que la méthode SYBR Green utilise un colorant fluorescent. Ces deux méthodes ont également des applications différentes en biologie moléculaire.
