La principale différence entre Cosmid et Phagemid réside dans le type de séquences qu'il contient. Un cosmide contient un site cos et un plasmide. Par conséquent, il s'agit d'un vecteur hybride tandis qu'un phagémide est un plasmide qui contient une origine F1 de réplication du phage F1.
Les cosmides et les phagémides sont utilisés à des fins de clonage, en particulier pour cloner de plus gros fragments d'ADN. Ceux-ci sont largement utilisés notamment dans le clonage de gènes responsables de la production de diverses protéines. Les cosmides et les phagémides sont soit répliqués seuls sous forme de plasmides, soit conditionnés dans des particules virales puis répliqués.
