La principale différence entre le système de fichiers et la base de données est que le système de fichiers ne gère que l'accès physique tandis que la base de données gère à la fois l'accès physique et logique aux données.
La base de données et le système de fichiers sont deux méthodes qui aident à stocker, récupérer, gérer et manipuler les données. Les deux systèmes permettent à l'utilisateur de travailler avec des données de la même manière. Un système de fichiers est une collection de fichiers de données brutes stockés sur le disque dur, tandis qu'une base de données est conçue pour organiser, stocker et récupérer facilement de grandes quantités de données. En d'autres termes, une base de données contient un ensemble de données organisées généralement sous forme numérique pour un ou plusieurs utilisateurs. L'abréviation de la base de données est DB. Il est possible de classer les bases de données en fonction de leur contenu, tel que document-texte, bibliographique et statistique. Il est important de noter que, même dans une base de données, les données sont éventuellement ou physiquement stockées dans certains fichiers.
