La principale différence entre l'évolution chimique et organique est que l'évolution chimique se produit en raison de changements dans la structure des molécules; des molécules complexes aux molécules simples avec le passage du temps alors que l'évolution organique se produit en raison des changements dans la composition génétique des populations d'organismes en réponse aux changements environnementaux.
La différence entre l'évolution chimique et organique peut être facilement décrite en fonction de l'aspect que les sujets à changer au cours de l'évolution de la terre. Au cours de l'évolution chimique, les biomolécules sont sujettes à des changements à différents stades augmentant la complexité des biomolécules. Au cours de l'évolution organique, les espèces individuelles sont sujettes à des changements graduellement de génération en génération. L'évolution chimique est apparue avant l'évolution organique.