La principale différence entre la parcimonie maximale et le maximum de vraisemblance dépend de la méthode utilisée pour développer l'arbre phylogénétique. La parcimonie maximale se concentre sur la minimisation des états de caractères totaux pendant la construction de l'arbre phylogénétique, tandis que la probabilité maximale est une approche statistique pour dessiner l'arbre phylogénétique en fonction de la probabilité entre les données génétiques.
La phylogénie est la nouvelle approche de la classification et de la nomenclature des organismes. La phylogénie repose sur des données génétiques et des relations évolutives. Les données génétiques sont le résultat du séquençage de l'ADN. En phylogénie, la classification des organismes se fait sur la base de l'ancêtre commun. La parcimonie maximale et la probabilité maximale d'une relation phylogénétique augmentent la précision et la fiabilité d'un arbre phylogénétique.
